在主馆内还有一个小展厅，里面陈列着两具新疆木乃伊，1912年，中亚探险队在第三次西域探险中，于吐鲁番东南30公里的“阿斯塔纳—哈拉和卓”的墓地中发现一批木乃伊，旅顺博物馆中的木乃伊正是其中的两具。吐鲁番地区地理气候条件独特，加上阿斯塔那独特的墓葬形制，才使得这两具木乃伊才能保存至今。
位于主馆二楼，展馆名称：黄沙下的永恒—旅顺博物馆藏新疆干尸展。
说到旅顺博物馆的馆藏，其实成立之初以东北地区的动植物、矿产标本、日本图书等为主。后来日本人大谷光瑞移居旅顺后，将部分藏品寄存在旅顺博物馆内，其中就包含新疆木乃伊，彼时博物馆的藏品才逐渐丰富起来。他的旧居便位于旅大老街东北部的靠山街上，站在洋房的二楼，能俯瞰旅顺博物馆和军港。
馆内的藏品除了西域的珍贵文物、古代青铜器等，还有不少战争时期的文物。当然，讨论最多的还是新疆木乃伊。在博物馆的主馆区有一个很小的展厅，里面陈列着一男一女两具木乃伊，指甲和胡须均清晰可见。透过玻璃，依稀能窥见女尸清秀的面容。不过为了保护木乃伊，这个展厅是不让拍照的。
4月1日至10月31日，09:00-16:30
11月1日至3月31日，9:00-16:00
每周一闭馆，国家法定节假日另行通知。
交通攻略：距旅顺6路同鑫街站457m,步行7min
